Model group Models Authors Contributed by Type Cite as License Tags
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Basenji 1 David Kelley Ziga Avsec tensorflow https://doi.org/10.1101/161851 MIT RNA expression, Histone modification, DNA accessibility
Basset 1 David Kelley Roman Kreuzhuber pytorch https://doi.org/10.1101/gr.200535.115 MIT DNA accessibility
BassetGM12878_Demo 1 Nancy Xu et al. Nancy Xu keras MIT DNA accessibility
CpGenie 51 Haoyang Zeng Roman Kreuzhuber keras, custom https://doi.org/10.1093/nar/gkx177 Apache License v2 DNA methylation
DeepBind 927 Babak Alipanahi et al. Johnny Israeli keras https://www.nature.com/articles/nbt.3300 BSD 3-Clause
DeepCpG_DNA 5 Christof Angermueller Roman Kreuzhuber keras https://doi.org/10.1186/s13059-017-1189-z
https://doi.org/10.5281/zenodo.1094823
MIT DNA methylation
DeepSEA 2 Jian Zhou et al. Roman Kreuzhuber pytorch https://doi.org/10.1038/nmeth.3547 MIT Histone modification, DNA binding, DNA accessibility
Divergent421 1 Nancy Xu keras MIT
FactorNet 30 Daniel Quang et al. Ziga Avsec keras https://doi.org/10.1101/151274 MIT DNA binding
HAL 1 Alexander Rosenberg Jun Cheng et al. custom https://doi.org/10.1016/j.cell.2015.09.054 MIT RNA splicing
KipoiSplice 2 Ziga Avsec et al. sklearn MIT RNA splicing
MaxEntScan 2 Gene Yeo et al. Jun Cheng custom https://doi.org/10.1089/1066527041410418 MIT RNA splicing
SiSp 1 Lara Urban keras https://doi.org/10.1101/328138 MIT RNA splicing
deepTarget 1 Byunghan Lee et al. Ziga Avsec custom https://arxiv.org/pdf/1603.09123.pdf GPL-v3 RNA binding
extended_coda 1 Pang Wei Koh et al. Johnny Israeli keras https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx243 MIT Histone modification
labranchor 1 Paggi J.M., Bejerano Jun Cheng keras https://doi.org/10.1101/185868 MIT RNA splicing
lsgkm-SVM 322 Dongwon Lee Roman Kreuzhuber custom https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw142 MIT
pwm_HOCOMOCO 600 Ivan V. Kulakovskiy Ziga Avsec keras https://doi.org/10.1093/nar/gkv1249 MIT DNA binding
rbp_eclip 112 Ziga Avsec Ziga Avsec keras https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx727 MIT RNA binding